奥本大学物理系的生物物理学助理教授拉斐尔·贝尔纳迪博士与其团队的博士后研究员马塞洛·梅洛博士,近期在《生物物理杂志》的封面上发表了一篇文章,探讨了下一代超级计算机在生物物理学领域的变革潜力。
奥本大学的研究团队深入探讨了计算建模与实验生物物理学的完美结合,为未来的科学发现提供了前所未有的精确度。如今的生物物理学家借助先进的高性能计算(HPC),不再仅仅是观察者,而是开创者,他们能够挑战长期以来的生物学假设,揭示复杂的细节,甚至合成新的蛋白质或设计新的分子电路。
在他们的观点文章中,讨论了计算生物物理学家以极其详细的方式模拟从亚原子到全细胞模型的复杂生物过程的新能力,这是最重要的方面之一。
正如贝尔纳迪博士所指出的,“新的百亿亿次计算机使计算生物物理学家能够超越实验的局限,以更高的细节水平模拟生物过程。例如,我们现在可以在原子层面理解致病菌在感染过程中如何与人类细胞结合,为人工智能模型生成数据,并开辟新的探索方向。”
历史上,物理和化学等领域严重依赖理论模型来指导实验。如今,生物学正处于一个类似的转折点,新颖的软件和专门的硬件成为解读实验数据和提出创新模型的关键。
橡树岭国家实验室(Oak Ridge National Laboratory)于2021年底部署了首台公共百亿亿次超级计算机Frontier,结合为生物物理学量身定制的人工智能工具的迅速普及,展示了在无缝连接模拟与实际观察方面取得的重大进展。
计算生物物理学所获得的动力标志着一个巨大的转变。随着生物物理学研究的深入,实验与计算工作的无缝整合有望重新定义知识的前沿,为前所未有的发现奠定基础,这些发现可能会重塑我们对生物世界的理解。
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